Biodiversité aquatique : du diagnostic à la restauration Synthèse du séminaire

Biodiversité aquatique : du diagnostic à la restauration Synthèse du séminaire «Biodiversité aquatique : quelles pistes pour la gestion des rivières et plans d’eau ?» Paris, les 14 et 15 novembre 2012. Synthèse Nicolas Poulet, Nirmala Séon-Massin et Laurent Basilico Biodiversité aquatique : du diagnostic à la restauration Synthèse du séminaire «Biodiversité aquatique : quelles pistes pour la gestion des rivières et plans d’eau ?» Paris, les 14 et 15 novembre 2012 Nicolas Poulet, Nirmala Séon-Massin et Laurent Basilico Des torrents de montagne aux rivières de plaine, des lacs alpins aux étangs du littoral, les milieux aquatiques français sont riches d’une fantastique variété d’espèces animales et végétales. Cette biodiversité, faite d’équilibres complexes et fragiles entre les communautés vivantes et leurs habitats, est à la fois le reflet de la santé des milieux naturels et l’objet d’enjeux majeurs pour les sociétés humaines : enjeux patrimoniaux, touristiques, culturels, économiques. Alors que la nécessité de concilier développe- ment humain et préservation des milieux naturels est désormais admise par tous, la biodiversité – notamment aquatique – apparaît aujourd’hui profondément menacée. En quelques décennies, l’aménagement accéléré des territoires et le développement de l’industrie et de l’agriculture intensive ont altéré les milieux : artificialisation des berges, diffusion de contaminants dans les écosystèmes, pression accrue sur la ressource en eau... L’avènement du changement climatique, qui se traduit déjà en France par des étiages plus sévères et un réchauffement sensible des masses d’eau, constitue un facteur d’incertitude croissant. La mondialisation des échanges et la création de nouvelles voies navigables s’accompagnent d’une mobilité sans précédent des espèces vivantes : l’arrivée rapide d’espèces exotiques, dont cer- taines se révèlent envahissantes, s’ajoute encore aux perturba- tions qui impactent les milieux aquatiques. Dans ce contexte de changement global, quel est aujourd’hui l’état réel de la biodiversité aquatique en France ? Comment les évolu- tions présentes et à venir du climat affecteront-elles les peuple- ments piscicoles, la végétation, les communautés planctoniques ? Quels sont les impacts des invasions biologiques sur la biodiversité aquatique ? Quelles sont les conséquences des modifications des régimes de débit et de l’hydromorphologie ? Par quels moyens les gestionnaires des milieux aquatiques peuvent-ils évaluer ces impacts ? Et comment peuvent-ils œuvrer, aujourd’hui et demain, pour en limiter les effets et restaurer la biodiversité ? 3 Contact Nicolas Poulet, Chargé de mission Ecologie des organismes aquatiques Direction de l’Action Scientifique et Technique Pôle éco-hydraulique Onema-Irstea-IMFT nicolas.poulet@onema.fr 2 Préambule © N. Poulet - Onema Le séminaire «Biodiver- sité aquatique : Quelles pistes pour la gestion des rivières et plans d’eau ?» a été organisé par l’Office national de l’eau et des mi- lieux aquatiques (Onema) assisté de l’office inter- national de l’eau (Oieau). Il s’est tenu à Paris, les 14 et 15 novembre 2012. Cette synthèse est consultable sur le site de l’Onema (www.onema.fr rubrique Publications). Elle est référencée sur le portail national «Les documents techniques sur l’eau» (www.documentation.eaufrance.fr). Consacré à ces questions, le séminaire «Quelles pistes pour la gestion des rivières et plans d’eau ?», organisé par l’Onema les 14 et 15 novembre 2012, a rassemblé à Paris plus de 200 participants : unités de recherche, services de l’État, collectivités, entreprises, associations et ONG. Ces deux journées de dialogue entre science et gestion restituaient une trentaine d’actions de recherche partenariales autour de la biodiversité aquatique : après un état des lieux de la biodiversité de nos milieux aquatiques, les orateurs ont présenté un ensemble d’outils novateurs pour son suivi et sa restauration, dans le contexte du changement global. Le présent docu- ment constitue une synthèse des connaissances, méthodes et résultats livrés à cette occasion – ainsi que des nombreuses interrogations qui en découlent. 5 4 Sommaire Menaces sur la biodiversité aquatique : une prise en compte croissante par les politiques publiques. ........... 06 I – La biodiversité aquatique : état des lieux en France 1.1 –  De nombreuses espèces menacées.................................................... 14 1.2 – Tendances temporelles : des signes positifs . ...................................... 16 1.3 –  Suivis locaux : un éclairage précieux................................................... 20 Éclairage - Taxonomie : de quelles espèces parle-t-on ? . .................................... 27 II – Des outils novateurs pour la connaissance et la gestion 2.1 –  Inventaires in situ : l’apport de l’ADN environnemental....................... 30 2.2 –  Suivi et évaluation : vers une approche intégrée de la biodiversité..... 32 2.3 –  Espèces aquatiques protégées : des fiches opérationnelles pour les gestionnaires......................................................................... 36 Éclairage - Les mésocosmes : des outils pour comprendre la biodiversité aquatique .. 39 III – Le changement climatique : impacts et adaptation 3.1 – Peuplements piscicoles : des impacts déjà visibles ?......................... 42 3.2 – Cas des poissons migrateurs amphihalins : modélisation et projections. .44 3.3 –  Les processus microbiens : quelles réponses au réchauffement ?..... 47 3.4 – Zones humides, vulnérabilité et adaptabilité. ....................................... 49 Éclairage - Léman, Annecy : deux écosystèmes suivis à la loupe.......................... 52 IV – Dégradation des habitats : conséquences et solutions 4.1 –  La qualité de l’eau, condition nécessaire à la biodiversité aquatique. . 56 4.2 – Régime de débit et peuplements piscicoles........................................ 63 4.3 –  Seuils, barrages et fractionnement des habitats : l’apport de la génétique........................................................................66 4.4 –  Préservation de l’apron du Rhône : des résultats modestes mais encourageants......................................................................................69 4.5 –  Anguille européenne : 18 actions de R&D pour réduire l’impact des ouvrages ..............................................................................................71 Éclairage - L’apport des documents historiques pour comprendre la biodiversité. ... 74 V – Les espèces invasives : diagnostic et gestion 5.1 –  Le GT-IBMA : un outil de concertation et d’action à l’échelle nationale .............................................................................................78 5.2 – Des altérations profondes des écosystèmes : le cas de l’Adour......... 80 5.3 –  Vers des approches économiques. ...................................................... 82 Conclusion..............................................................................................86 Références .............................................................................................88 La rainette verte (Hyla arborea), espèce d’intérêt communautaire (annexe IV de la directive Habitats- Faune-Flore), est protégée ainsi que ses habitats au niveau national © N. Poulet - Onema Menaces sur la biodiversité aquatique : une prise en compte croissante par les politiques publiques En seulement quelques décennies, l’urbanisation et l’artificialisation des territoires, l’agriculture intensive et la surexploitation des ressources ont exercé des pressions sans pré- cédent sur les équilibres naturels. À ces pressions viennent s’ajouter aujourd’hui – et plus encore demain – les dérèglements induits dans le sys- tème climatique par l’accroissement anthropique des concentrations en gaz à effet de serre, tandis que la globalisation des échanges favo- rise une mobilité artificielle et rapide d’espèces parfois envahissantes, dont l’importation constitue un fac- teur de déséquilibre supplémentaire pour les écosystèmes. Face à ce changement global, la biodiversité aquatique est sou- vent en première ligne. Espaces géographiquement isolés, les cours d’eau, lacs et étangs concentrent une très grande variété d’écosystèmes et d’espèces : des oiseaux d’eau aux peuplements piscicoles, des végétaux rivulaires aux communau- tés planctoniques. Matrice de cette vie foisonnante, l’eau est également une ressource vitale pour les socié- tés humaines et l’objet de prélève- ments croissants, pour l’alimenta- tion en eau potable des populations, l’irrigation ou l’industrie. Les milieux aquatiques reçoivent, par drainage ou par ruissellement, une part 6 7 © M. Bramard - Onema La biodiversité connaît aujourd’hui une régression mondiale, marquée au cours du XXe siècle par la dis- parition d’un nombre croissant d’espèces animales et végétales. En 2012, sur environ 65 500 es- pèces évaluées par l’Union inter- nationale pour la conservation de la nature (UICN), plus de 20 200 étaient menacées d’extinction. Une large part de la communauté scientifique considère désormais la période actuelle comme la sixième grande crise de la biodiversité – la dernière en date ayant vu la fin des dinosaures à la fin du Crétacé, voici 65 millions d’années. Mais la situation présente ne résulte pas d’un bouleversement géophysique ou climatique naturel : elle est la conséquence directe du rapide développement des sociétés et des activités humaines à l’ère industrielle. Le développement de la société se fait trop souvent au détriment des milieux aquatiques Les pollutions ne sont pas toujours aussi évidentes à identifier (p. ex. les micropolluants) © Michel Bramard - Onema © Sylvain Rogissart - Onema importante des polluants présents dans leur bassin versant. À la croisée des enjeux sociétaux et économiques, les rivières voient leurs cours et leur fonctionnement profondément altérés : seuils et écluses pour la navigation, endi- guement et chenalisation, barrages hydroélectriques… Objet d’une prise de conscience croissante par l’opinion publique, la nécessité de préserver et de restau- rer la biodiversité s’est progressive- ment imposée dans les politiques publiques comme une condition es- sentielle du développement durable. À l’échelle mondiale, la Convention sur la diversité biologique, rédigée lors du sommet de la Terre, à Rio de Janeiro en 1992, a été ratifiée de- puis par 176 pays. La France, signa- taire en 1994, a publié en 2004 une première Stratégie nationale pour la biodiversité (SNB), déclinant les en- gagements de la Convention de Rio en dix plans sectoriels : patrimoine naturel, agriculture, international, urbanisme, infrastructures de trans- ports terrestres, mer, forêt, outre- mer, recherche, tourisme. Révisée en 2010, dans le sillage du Grenelle de l’environnement, cette nouvelle stratégie nationale développe no- uploads/Litterature/ rencontre-biodiversite-aquatique-onema.pdf

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