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Bactériologie Faculté de Médecine de Nantes COURS DE BACTERIOLOGIE DCEM1 Année

Bactériologie Faculté de Médecine de Nantes COURS DE BACTERIOLOGIE DCEM1 Année 2007 - 2008 Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 2 SOMMAIRE page I Introduction 4 - Objectifs - Préparation des enseignements dirigés 5 II Principes et méthodes du diagnostic bactériologique 6 III Principales espèces bactériennes 31 Cocci à Gram positif 7 Fiche 01 Staphylococcus généralités Fiche 02 Staphylococcus aureus Fiche 03 Streptococcus généralités Fiche 04 Streptococcus pyogenes (A) Fiche 05 Streptococcus agalactiae (B) Fiche 06 Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) Fiche 07 Streptococcus viridans ou oraux Fiche 08 Enterococcus 32 Cocci à Gram négatif 18 Fiche 09 Neisseria meningitidis (méningocoque) Fiche 10 Neisseria gonorrhoeae (gonocoque) Fiche 11 Branhamella (Moraxella) catarrhalis 33 Bacille à Gram positif 23 Fiche 12 Listeria moncytogenes 34 Bacilles à Gram négatif (fermentant) 25 Fiche 13 Entérobactéries généralités Fiche 14 Escherichia coli Fiche 15 Shigella Fiche 16 Salmonella Fiche 17 Entérobactéries opportunistes 35 Bacille à Gram négatif (non fermentant) 36 Fiche 18 Pseudomonas aeruginosa 36 Bacilles à Gram négatif à croissance difficile 38 Fiche 19 Haemophilus influenzae Fiche 20 Campylobacter 37 Bactéries anaérobies 41 Fiche 21 Anaérobies généralités Fiche 22 Bacteroides groupe fragilis (Gram négatif) Fiche 23 Clostridium perfringens (Gram positif) Fiche 24 Clostridium difficile (Gram positif) 38 Autres bactéries 45 Fiche 25 Legionella pneumophila Fiche 26 Mycobacterium tuberculosis (BK) Fiche 27 Treponema pallidum (Syphilis) Fiche 28 Bordetella pertussis (coqueluche) IV Les antibiotiques 53 Fiche 29 Classification des antibiotiques Fiche 30 Méthodes d’étude des antibiotiques Fiche 31 Mécanisme de résistance V Hygiène 66 Fiche 32 Infections nosocomiales Fiche 33 Investigation d’une épidémie Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 3 VI Principales analyses pratiquées en bactériologie médicale 73 Fiche 34 Examen cytobactériologique des urines (ECBU) Fiche 35 Examen cytobactériologique du liquide céphalorachidien (LCR) au cours des méningites Fiche 36 Examen cytobactériologique au cours des septicémies (HEMOCULTURE) Fiche 37 Examen cytobactériologique au cours des infections pulmonaires Fiche 38 Examen cytobactériologique de la gorge (angine) Fiche 39 Examen cytobactériologique au cours des infections de la sphère ORL (pus d’oreille) Fiche 40 Examen cytobactériologique des selles (coproculture) Fiche 41 Examen cytobactériologique des infections sexuellement transmissibles (IST) Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 4 I Introduction Objectifs 1) Connaître la classification des principales espèces bactériennes : Savoir différencier les bactéries à Gram positif (+) et à Gram négatif (–) 2) Connaître l’habitat des principales bactéries responsables d’infections chez l’homme 3) Connaître les principales analyses bactériologiques et les bactéries responsables : - des infections urinaires - des septicémies - des infections du liquide céphalorachidien au cours des méningites - des infections pulmonaires basses - des infections de la sphère ORL - des infections génitales - des diarrhées - des infections ostéo-articulaires 4) Connaître les grandes familles d’antibiotiques avec - le mécanisme d’action - le spectre d’activité - les différents mécanismes de résistance 5) Connaître les différents paramètres de l’activité in vitro des antibiotiques - antibiogramme - CMI Préparation des enseignements dirigés de bactériologie En fonction des enseignements dirigés (BH1 à BH8), il est impératif d’apprendre les cours de bactériologie. Ces cours sont organisés sous forme de fiches (fiches bactériennes, fiches des examens bactériologiques et fiches antibiotiques) La vérification des connaissances se fera à chaque enseignement dirigé par une interrogation écrite qui permettra de calculer la note d’examen. Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 5 BH1 : Rôle du laboratoire dans l’examen cytobactériologique des urines Fiches : 34, 2, 8, 13, 14, 17, 18 (S Corvec) BH2 : Rôle du laboratoire dans l’examen cytobactériologique du liquide céphalorachidien (au cours des méningites) Fiches : 35, 2, 5, 6, 9, 12, 14, 19, (J Caillon) BH3 : Rôle du laboratoire dans le diagnostic des septicémies (Hémoculture), des infections ostéo- articulaires : Fiches : 36, 1, 2, 3, 4, 7,13, 14, 17, 21, 22 , 23, (Pr Drugeon) BH4 : Rôle du laboratoire dans l’examen cytobactériologique des secrétions broncho- pulmonaires, de la gorge, du pus d’origine auriculaire : Fiches : 37, 38, 39, 2, 4, 6, 11, 19, 25, 26, 28 (Pr Drugeon) BH5 : Rôle du laboratoire dans le diagnostic des selles (coproculture): Fiches : 40, 15, 16, 20, 24 (A Guillouzouic) BH6 : Rôle du laboratoire dans le diagnostic des infections sexuellement transmissibles: Fiches : 41, 10, 27 (S Corvec) BH7 : Etude in vitro de la sensibilité aux antibiotiques : Lecture et interprétation des antibiogrammes des S.aureus et des entérobactéries (BLSE) : Fiches 29, 30, 31, 2, 13 (J Caillon) BH8 : Comment prévenir les épidémies et comment réaliser une enquête épidémiologique: Fiches Fiches 32, 33, (D Lepelletier) Cours magistraux le mardi 11 Septembre 2007 - Principes et méthodes du diagnostic bactériologique 1H 30 (J.Caillon) la semaine 10 (Mars 2008) - Défenses antibactériennes de l’hôte et facteurs bactériens de virulence 1H (E.Espaze) Ce cours correspond au minimum qu’il faut savoir. Pour en connaître plus, voici quelques titres de livres à consulter : - Bactériologie médicale : C. Nauciel, J-L. Vilde . Masson, Paris, 2005 - Bactériologie générale et médicale J-L Fauchère et J-L Avril Ellipses Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 6 II Principes et méthodes du diagnostic bactériologique Cours disponible sur le TICEM Bactéries aérobies -anaérobies Bactéries anaérobies Gram + - Cocci Bacilles Cocci Bacilles Pepto- streptococcus Clostridium Bifidobacterium Actinomyces Lactobacille Propionibacterium Veillonella Bacteroides Prevotella Porphyromonas Fusobacterium Gram + - Cocci Bacilles Cocci Bacilles Staphylocoque Streptocoque Pneumocoque Entérocoque Listeria Corynebactéries Bacillus Neisseria Méningocoque Gonocoque B.catarrhalis Entérobactéries (E.coli, Salmonelle, Shigelle …) P.aeruginosa Haemophilus Campylobacter Leginonella Bordetella pertussis Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 7 III Principales espèces bactériennes 31 Cocci à Gram positif Fiche N° 01 : Staphylococcus Généralités GENERALITES • Genre regroupe nombreuses espèces – cocci à Gram positif en amas – aéro - anaérobies stricts – catalase positive • Classification 36 espèces pathogènes pour l ’homme ou pour les animaux – Staphylococcus aureus : Staphylocoque doré ou Staphylocoque à coagulase positive – Staphylocoques à coagulase négative S. epidermidis, S. hominis, S. saprophyticus HABITAT : Différents types d’habitats – Muqueuse et peau – Hôtes normaux ou pathologiques de l’homme – Hôtes normaux ou pathologiques des animaux – Environnement – air, eau, sol, aliments, Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 8 Fiche N° 02 : Staphylococcus aureus NOM COMMUN Staphylocoque doré MORPHOLOGIE - EXAMEN DIRECT : Cocci à Gram positif en amas. HABITAT : Germe ubiquitaire - Environnement : air, eau, sol, aliments, car très résistants - Homme et animaux : peau et muqueuses (nasale, périnée, oropharynx) - Homme 25% porteurs sains permanents et 25% d’occasionnels. TRANSMISSION : – directe: manuportage – indirecte: matériels hospitaliers, stéthoscopes – alimentaire POUVOIR PATHOGENE : – lésions suppurative et nécrotique • peau et muqueuse (furoncle) • os (ostéomyélite) • arthrites • tissus – septicémie, endocardite – pneumopathies secondaires ou nosocomiales – intoxications alimentaires dues aux entérotoxines : début brutal (3-4 heures après l’ingestion, souvent observé lors de repas de réception) – syndrome toxique • toxic shock syndrome FACTEURS DE PATHOGENICITE : - coagulases libre et liée permet l’attachement aux cellules et la thrombose des vaisseaux. La coagulase libre est un des facteurs d’identification du staphylocoque doré - hémolysines • bêta • alpha (antigénique : lors des infections chroniques on observe l’apparition d’anticorps spécifiques) - fibrinolysine détruit la fibrine et disloque le caillot de fibrine permettant l’essaimage à distance de foyers secondaire (pulmonaires, métastases septiques) - hyaluronidase détruit le tissu conjonctif - DNAse - Leucocidine de Panton et Valentine détruit les polynucléaires; elle est observée chez les souches isolées chez les jeunes et est responsable de pneumopathies primitives foudroyantes - Entérotoxines responsables des intoxications alimentaires. - TSST1 toxine responsable du toxic shock syndrome Bactériologie – Faculté de Médecine de Nantes - 9 EPIDEMIOLOGIE : A l’hôpital : évolution par grandes endémies de clones hospitaliers résistants aux antibiotiques et notamment à la méticilline (SARM) DIAGNOSTIC : Germe très résistant - Culture facile - Utilisation de milieux sélectifs : milieu de Chapman (7% NaCl + mannitol pour observer son attaque) - Recherche de la coagulase BASES THERAPEUTIQUES : Acquisition très rapide de résistance - Avec pendant longtemps un maintien des clones résistants au sein de l’hôpital. On distingue les souches communautaires et les souches hospitalières. Les souches communautaires sont résistantes - à la pénicilline G par production de pénicillinase (95%) - à la méticilline: par un mécanisme non enzymatique (modification de PLP) ces souches autrefois limitées à l’hôpital commencent à apparaître en ville. - Macrolides : méthylases inductibles - Tétracyclines (mécanisme d’efflux) - Chloramphénicol acétylase Les souches hospitalières responsables des infections nosocomiales sont résistantes : - à la pénicilline G par production de pénicillinase - à la méthicilline: par un mécanisme non enzymatique (modification des PLPs : acquisition d’une PLP étrangère : PLP2a) MRSA (35%) des souches hospitalières. - Elles sont résistantes aux aminoglycosides (sauf gentamicine) - Elles sont résistantes aux macrolides - Elles sont résistantes aux tétracyclines - Elles sont résistantes aux fluoroquinolones Elles sont sensibles en partie à l’acide fusidique, à la rifampicine, à la fosfomycine Elles sont sensibles presque totalement à la vancomycine et à la teicoplanine ; on a décrit des souches de sensibilité uploads/Philosophie/ bacteriologie-2.pdf