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INSTITUT PASTEUR D’ALGERIE LABORATOIRE CENTRAL DE LA TUBERCULOSE DIAGNOSTIC BAC

INSTITUT PASTEUR D’ALGERIE LABORATOIRE CENTRAL DE LA TUBERCULOSE DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DE LA TUBERCULOSE ET DES MYCOBACTERIOSES D. YALA 2 M. TAZIR. PREFACE Ce guide du diagnostic bactériologique de la tuberculose se veut un manuel à l’intention des étudiants en médecine et aux autres professionnels de santé : Agents de laboratoire de bactériologie ( microscopiste ), Paramédicaux .... C’est un outil de référence pour le diagnostic bactériologique de la tuberculose . Rédigé par d’éminents bactériologistes, il comporte 3 parties distinctes : - Le premier chapitre est relatif à un rappel sur les caractères fondamentaux des mycobactéries . - Le deuxième chapitre se rapporte au diagnostic bactériologique de la tuberculose depuis le recueil des divers prélèvements, en passant par la conservation, le transport jusqu’à l’interprétation des résultats. En plus des méthodes “ classiques ” de diagnostic de la tuberculose (microscopie, culture), les auteurs expliquent et décrivent les nouvelles techniques de diagnostic comme la Polymerase Chain Reaction (P.C.R.). La fin du manuel comporte des annexes qui permettront de mieux comprendre certains points plus difficiles. Ce document pédagogique reste une référence et un outil de travail indispensable pour les personnels de santé chargésde la lutte antituberculeuse (médecins - infirmiers - laborantins). Le Président du Comité Pédagogique du module de Pneumo-phtisiologie Pr. Salim NAFTI 3 S O M M A I R E I - Place des Mycobactéries dans le monde bactérien II - Classification médicale des Mycobactéries III- Caractères fondamentaux des Mycobactéries IV- Les Mycobactéries de la tuberculose V - Les Mycobactéries atypiques ( généralités) VI- Diagnostic bactériologique de la tuberculose VII- Les nouvelles techniques de diagnostic de la tuberculose - Annexes 4 GENERALITES : ============= I. Place des mycobactéries dans le monde bactérien. Le genre Mycobacterium appartient à la famille des Mycobactériaceae dans l’ordre des actinomycetales. Les mycobactéries sont caractérisées par leur aptitude à conserver la coloration par la fushine et de ne pas être décolorées par les acides dilués et l’alcool. Elles sont dites Acido-Alcoolo-Résistantes (AAR). II. Classification médicale des mycobactéries. Les mycobactéries peuvent être classer en trois groupes différents : 1° Groupe : Les mycobactéries responsables de tuberculose (Maladie transmissible). Ces bactéries appartiennent au complexe tuberculosis. - Mycobacterium tuberculosis appelé aussi bacille tuberculeux ou bacille de Koch (B.K). Il est responsable de la majorité des tuberculoses humaines . - Mycobacterium bovis responsable des tuberculoses bovines, mais l’homme peut être contaminé . - Mycobacterium africanum responsable de tuberculose en Afrique centrale et occidentale ; il n’a jamais été isolé en Algérie. 2° Groupe : Les mycobactéries responsables de mycobactérioses (Maladie non transmissible) appelées mycobactéries de l’environnement ; mycobactéries opportunistes ou mycobactéries atypiques. Dans ce groupe, on retrouve une centaine d’espèces . Exemple : - Mycobacterium avium souvent responsable de mycobactériose chez l’immuno-déprimé (SIDA). - Mycobacterium fortuitum - Mycobacterium gordonae etc...... 3° Groupe : Mycobactéries responsables de la lèpre : - Mycobactérium lepreae ou bacille de Hansen qui est un bacille non cultivable “ In-vitro ”, responsable de la lèpre chez l’homme - Mycobacterium lepreae murium responsable de la lèpre chez la souris. 5 III. Caractères fondamentaux des mycobactéries : a/ L’Acido-Alcoolo-Résistance (A.A.R.) des mycobactéries est un caractère tinctorial utilisé en microscopie après coloration de Ziehl Neelsen pour poser le diagnostic positif de la tuberculose. b/ Les mycobactéries présentent une résistance relative aux détergents et aux désinfectants chimiques (acide sulfurique, soude) par rapport aux germes banals , ce caractère est utilisé pour décontaminer les prélèvements avant leur mise en culture. IV. LES MYCOBACTERIES DE LA TUBERCULOSE : Ce chapitre concerne essentiellement M.tuberculosis responsable de la majorité des tuberculoses humaines . 1- Caractères bactériologiques de bacille de la tuberculose: (M..tuberculosis) A/ Caractères morphologiques : M. tuberculosis est un bacille immobile, à extrémités arrondies, de 2 à 5 de long sur 0,2 à 0,3 µ de large. Il est acapsulé. Il se colore mal par les colorants usuels tel que la coloration de Gram et par le bleu de méthylène. Coloré par la fushine phéniquée à chaud, le bacille tuberculeux se colore en rouge et n’est pas décoloré par l’acide sulfurique à 25% et par l’alcool à 95° comme le seraient toutes les bactéries autres que les mycobactéries. Après coloration, ces bactéries apparaissent au microscope optique comme des bâtonnets rouges, légèrement incurvés, isolées ou en petits amas. B/ Caractères culturaux : Comme toutes les mycobactéries; M.tuberculosis est un bacille aérobie strict . La température optimale de croissance est comprise entre 35 et 37°C. Le pH physiologique est de 6,9. C’est un germe très exigeant , qui ne pousse pas sur milieux gélosés usuels . Il se cultive sur milieux à base d’œufs. Il est caractérisé par sa lenteur de croissance . Il se divise une fois toutes les 20 heures, ce qui explique pourquoi , les colonies sont visibles en 3 à 4 semaines et non pas en 18 à 24 heures comme celles d’Escherichia Coli par exemple, dont le temps de division est de 20 minutes. 6 Après 21 à 28 jours d’incubation, on voit apparaître de petites colonies opaques, arrondies de couleur crème. En se développant, elles prennent un aspect rugueux, verruqueux torsadé, en “chou -fleur ”, de teinte crème-beige à chamois. C/ Caractères biochimiques : Les caractères biochimiques gardent toute leur importance dans l’identification des espèces des mycobactéries. A titre d’exemple : M.tuberculosis est producteur d’acide nicotinique, tandis que la plupart des autres mycobactéries n’ont produisent pas. 2 - Viabilité de M. tuberculosis : M.tuberculosis est très sensible - à la chaleur ; - à la lumière solaire ; - aux rayons X ; - aux Ultra-Violet; - à l’eau de javel - et à l’alcool (5 mn par l’alcool à 70°), par contre il résiste - au froid à +4°C ; - plusieurs années à moins (-) 70°C. - à la dessiccation V. LES MYCOBACTERIES ATYPIQUES : (généralités) Il faut toujours garder à l’esprit que ces mycobactéries atypiques peuvent être responsables de mycobactérioses chez l’immuno-déprimé , mais aussi chez les sujets présentant une tare localisée ou généralisée , qu’elle soit connue ou non. Leur mise en évidence en biologie n’est pas toujours synonyme de mycobactériose. Pour les incriminer, il faut isoler plusieurs fois le même germe à partir d’un prélèvement contaminé (prélèvements contaminés par la flore cutanée ou muqueuse), ou l’isoler une seule fois à partir d’un prélèvement non contaminé dans un contexte clinique et épidémiologique évocateur. 7 VI. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE DE LA TUBERCULOSE : La mise en évidence du bacille tuberculeux en microscopie et/ou en culture reste le critère essentiel du diagnostic de certitude de la tuberculose quelle soit pulmonaire ou extra-pulmonaire. L’identification du bacille de la tuberculose est si critique qu’il est donné une attention particulière aux prélèvements ; à leurs conservation et à leurs transports. Comme la tuberculose peut toucher presque n’importe quel organe du corps , une variété d’échantillon clinique peuvent être envoyée au laboratoire pour la recherche de bacilles responsables de tuberculose. Pour des raisons pratiques, Nous considérons deux types de prélèvements :  Les prélèvements d’origine pulmonaire  Les prélèvements d’origine extra-pulmonaire. A/ Les prélèvements d’origine pulmonaire : Ils comprennent : - Les expectorations “ crachats ” - Tubages gastriques - Aspirations ou lavages bronchiques - Ecouvillonnages laryngés. 1/ Les crachats : Sont les prélèvements les plus fréquemment reçus au laboratoire. Chez un malade suspect de tuberculose pulmonaire il convient , chaque fois que possible, de faire trois ( 3 ) prélèvements selon les modalités suivantes : Après la consultation, le premier échantillon ( appelé “ échantillon sur place ”) est recueilli sous la supervision de l’infirmier ; celui-ci doit lui expliquer que l’expectoration doit se faire après un effort de toux profond et vigoureux afin de ramener des mucosités bronchiques. L’infirmier doit confier un deuxième pot “ crachoir ”, et demander au malade de recueillir un deuxième prélèvement le lendemain matin très tôt (appelé échantillon matinal). L’échantillon est ramené le plus rapidement possible au laboratoire. Quand le malade revient avec l’échantillon matinal, un troisième prélèvement est fait sur place. 8 2/ Tubage gastrique : Un certain nombre de malades ne peut pas ou ne sait pas cracher (femmes et enfants). Cette technique est pratiquée en milieu hospitalier. Elle permet de recueillir les mucosités bronchiques dégluties pendant le sommeil, donc il doit être fait le matin au réveil avant que les contractions de l’estomac n’en aient chassé le contenu. 3/ Aspiration ou lavage bronchique : Consiste à aspirer au cours d’une bronchoscopie les sécrétions bronchiques. Cette technique ne peut être pratiquée que sur des malades hospitalisés et en milieu spécialisé 4/ Ecouvillonnage laryngé : Le but de l’écouvillonnage laryngé est de recueillir les mucosités d’origine pulmonaire présentes dans le larynx. Cette technique peut être appliquée chez les malades qui ne savent pas ou ne peuvent pas cracher, où l’aspiration bronchique ou le tubage gastrique ne peut être fait (faute de moyens). Il est à noter que l’écouvillon laryngé ne ramène qu’une faible quantité de matériel, et de ce fait il ne peut être utilisé que pour la recherche du BK en culture et non à l’examen microscopique direct. B/ Les prélèvements d’origine extra-pulmonaire (E.P.) : uploads/Sante/ polycope-tuberculose-yala.pdf